В конце октября 2012 года в прессе появилась информация о крупном коррупционном скандале вокруг ОАО «Оборонсервис», сотрудников которого правоохранительные органы уличили в махинациях при реализации непрофильных военных активов, в том числе здания «Мосвоенторга». Предварительный ущерб, нанесённый государству, от продажи только восьми объектов недвижимости составил более 3 млрд руб. Следствие уверено в том, что решения о продаже столь ценных активов не могли приниматься без ведома Сердюкова.
Ряд фигурантов дела, как выяснилось в ходе расследования, давно знакомы с Сердюковым и поддерживали с министром обороны весьма близкие отношения. Свидетелем по делу проходит глава департамента имущественных отношений Минобороны (до лета 2012 года) Евгения Васильева, при обыске в 4-комнатной квартире которой утром 25 октября 2012 года присутствовал Сердюков. Газета «Коммерсант» указывает, что он является соседом Васильевой по самому дорогому дому в Москве, расположенному по адресу Молочный переулок, дом 6, а отношения между обоими фигурантами дела характеризует как «близкое знакомство».
6 ноября 2012 года Путин отправил Сердюкова в отставку. Причина отставки, по разъяснению Путина, заключалась в неспособности Сердюкова справляться с управлением собственности министерства обороны, а также в том, чтобы обеспечить чистоту расследования.
6 декабря 2013 года предъявлено обвинение в халатности, повлёкшей причинение крупного ущерба (ч.1 ст.293 УК РФ). Сердюков вину не признал, от дачи показаний отказался.
В феврале 2014 года главное военное следственное управление ГВСУ СК России решило прекратить следствие в отношении Сердюкова, так как он попадал под амнистию к 20-летию Конституции Российской Федерации, будучи признаным «защитником отечества», главная военная прокуратура подтвердила правомочность такого решения.
После отставки Сердюков, как бывший постоянный член Совета безопасности РФ и секретоноситель в соответствии с законом пожизненно пользуется государственной охраной, транспортным обслуживанием и «мигалкой».
